Nouvelles technologies et leur exploitation
Code UE : BNF202
- Cours
- 6 crédits
- Volume horaire de référence
(+ ou - 10%) : 50 heures
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Josselin NOIREL
Public, conditions d’accès et prérequis
BNF104. Cours s'adressant à des auditeurs ayant déjà acquis un niveau L3 en biologie/bio-informatique.
Programmation: notions de R et de Python.
Programmation: notions de R et de Python.
Objectifs pédagogiques
- Utiliser les outils de la recherche reproductible
- Comprendre et analyser les enjeux de la médecine personnalisée dans une ère de big data
- Connaître les formes que prend la diversité génétique humaine et comprendre son lien avec les pathologies humaines
- Se familiariser avec la représentation des données génétiques
- Savoir mettre en œuvre des simulations de phénotype (modèle infinitésimal)
- Savoir mettre en œuvre une étude d'association génétique et analyser les résultats de façon critique
- Se familiariser avec les techniques post-génomiques et de génomique statistiques (score de risque polygénique, généalogie génétique)
Contenu
- Outils programmatiques (shell, Python) et applications (git, R Markdown, JupyterHub) permettant le déploiement et la documentation de pipelines bio-informatiques modernes.
- Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
- Méthodes de puces de génotypage pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).
- Études bibliographiques sur les méthodes bio-informatiques récentes sur le séquençage massif de l'ADN (NGS) et ses applications en médecine personnalisée.
Modalité d'évaluation
Evaluation continue sur projet, travail bibliographique, oraux.
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants
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Intitulé de la formation |
Type |
Modalité(s) |
Lieu(x) |
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Intitulé de la formation
Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée
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Lieu(x)
À la carte
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Lieu(x)
Paris
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| Intitulé de la formation | Type | Modalité(s) | Lieu(x) |
Contact
Voir le calendrier, le tarif, les conditions d'accessibilité et les modalités d'inscription dans le(s) centre(s) d'enseignement qui propose(nt) cette formation.
UE
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Paris
-
Centre Cnam Paris
- 2023-2024 1er semestre : FOAD 100%
Comment est organisée cette formation ?Organisation de la modalité FOAD 100%
Planning
Aucun planning pour le moment
Précision sur la modalité pédagogique
- Regroupements physiques facultatifs : Aucun
:Organisation du déploiement de l'unité
- Nombre d'élèves maximum à distance par classe : 30
- Nombre d'heures d'enseignement par élève : 60
- Délai maximum de réponse à une solicitation : sous 96 heures (Jours ouvrés)
Modes d'animation de la formation
- Forum
- Messagerie intégrée à la plateforme
- Visioconférence
- Outils numériques de travail collaboratif
- Organisation d'une séance de démarrage
- Evaluation de la satisfaction
- Hot line technique
- JupyterHub
Ressources mises à disposition sur l'Espace Numérique de Formation
- Documents de cours
- Enregistrement de cours
- Documents d'exercices, études de cas ou autres activités pédagogiques
- Bibliographie et Webographie
Activités "jalons" de progression pédagogique prévues sans notation obligatoire à rendre ou en auto-évaluation
- 12 exercices
- 3 études de cas, projets collectifs
- 3 études de cas, projets individuels
Modalité de contrôle de l'acquisition des compétences et des connaissances (validation de l'UE)
- Examens en ligne
- Contrôle continu (travaux à rendre)
-
Centre Cnam Paris
-
Paris
Code UE : BNF202
- Cours
- 6 crédits
- Volume horaire de référence
(+ ou - 10%) : 50 heures
Responsable(s)
Jean-Francois ZAGURY
Josselin NOIREL