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Nouvelles technologies et leur exploitation

Code UE : BNF202

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Josselin NOIREL

Public et conditions d'accès

BNF104. Cours s'adressant à des auditeurs ayant déjà acquis un niveau L3 en biologie/bio-informatique 

Objectifs pédagogiques

Apprendre à maîtriser les outils et les concepts pour analyser les données génomiques à haut-débit à l'aide de la ligne de commande, R et Python.

Compétences visées

Traitement des masses de données génomiques générées par les nouvelles technologies à l'aide de GNU R, Python, R Markdown, JupyterHub, git.

Mots-clés

Contenu

Outils programmatiques (shell, Python) et applications (git, R Markdown, JupyterHub) permettant le déploiement et la documentation de pipelines bio-informatiques modernes.
Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
Méthodes de puces de génotypage et séquençage massif de l'ADN (NGS) pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).

Modalité d'évaluation

 Examen final sur ordinateurs

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Intitulé de la formation
Type
Modalité(s)
Lieu(x)
Intitulé de la formation Diplôme d'ingénieur Spécialité Bio-informatique
Type Diplôme d'ingénieur
Lieu(x) À la carte
Lieu(x) Paris
Entrée Niveau III (bac+2)
Intitulé de la formation Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée
Type Certificat d'établissement
Lieu(x) À la carte
Lieu(x) Paris
Entrée Sans niveau spécifique
Intitulé de la formation Type Modalité(s) Lieu(x)

Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau

Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

UE

    • Paris
      • Centre Cnam Paris
        • 2020-2021 1er semestre : FOAD 100%
        Comment est organisée cette formation ?

        Organisation de la modalité FOAD 100%

        Planning

        1er semestre

        • Date de démarrage : 29/09/2020
        • Date limite d'inscription : 02/11/2020
        • Regroupements facultatifs : aucun
        • Date de 1ère session d'examen : 25/01/2021
        • Date de 2ème session d'examen : 19/04/2021

        Accompagnement

        • Plateforme Moodle

        Ressources mises à disposition de l'auditeur

        • Documents de cours
        • Enregistrement de cours
        • Documents d'exercices, études de cas activités
        • Bibliographie et webographie

        Modalités de validation

        • Examen sur table
        :