Biostatistique

Code UE : STA109

  • Cours
  • 6 crédits
  • Volume horaire de référence
    (+ ou - 10%) : 50 heures

Responsable(s)

Aurelien LATOUCHE

Public, conditions d’accès et prérequis

Cet enseignement concerne les auditeurs travaillant dans le domaine de la santé (hôpitaux - laboratoires de recherche - industrie pharmaceutique...) ou de la sécurité sanitaire (agences - laboratoires d'analyse ...). Il s'adresse aux personnes amenées à concevoir, gérer et/ou analyser des protocoles d'études (clinique, épidémiologiques...) ou d'expérimentation (médecine - biologie...) et plus généralement à toute personne confronté à la variabilité biologique (en particulier en bio-informatique).
Il demande d'avoir des notions générales en mathématiques (niveau 1er ou terminale). Des connaissances supplémentaires en probabilité ou statistique sont appréciées.

Présence et réussite aux examens

Pour l'année universitaire 2021-2022 :

  • Nombre d'inscrits : 41
  • Taux de présence à l'évaluation : 39%
  • Taux de réussite à l'évaluation : 69%

Objectifs pédagogiques

Donner les connaissances nécessaires 
- à la préparation d'une expérience correcte du point de vue statistique en fonction des objectifs de l'étude
- à la description et à l'analyse statistique des données recueillies
- pour interpréter correctement les résultats obtenus et pour savoir les communiquer.

Compétences visées

A l'issue de l'enseignement l'étudiant devra savoir :
- Aborder méthodiquement un protocole expérimental.
- Maîtriser les outils simples d'exploration des données.
- Maîtriser le choix d'un modèle statistique simple représentant au mieux les données.
- Maîtriser le choix d'un outil d'aide à la décision (test statistique) en adéquation au contexte expérimental.
De ce fait il doit pouvoir acquérir un regard critique lui permettant d'analyser les résultats d'une enquête ou d'une expérience.

Contenu

- Notions de base : La variabilité  - l'échantillonnage - la représentativité - notions de ré-échantillonnage.
Qu'est-ce qu'une expérience contrôlée - une étude descriptive - exemples : études cas-témoins - cohortes...
 
Comment aborder un problème de statistique (description, modèle, hypothèses, décision) '
- Statistique descriptive  : présentation graphique des données (histogramme), paramètres empiriques (proportion, moyenne, mode, quantiles, variance), fonction de répartition observée, tableau de contingence.

- Rappels rapides sur le calcul de probabilité : combinatoire, événements.

- L'information a priori : probabilité conditionnelle, théorème de Bayes, sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives, risque relatif, courbes ROC
- Variables aléatoires  : définitions, distribution de probabilité, espérance, variance Variable centrée et réduite.
- Lois de probabilités usuelles : loi binomiale, loi de Poisson, loi normale, loi Pearson (Khi 2), loi de Student, loi de Fisher. Conditions et contextes d'applications. Théorème de la limite centrale.
- Estimation : estimation ponctuelle, qualité d'un estimateur,  intervalle de confiance de paramètres usuels (espérances, variances, fréquences).
- Principes généraux des tests : risques de 1ère et 2ème espèce; degré de signification (p).
- Tests paramétriques et non paramétriques :
1. tests portant sur la comparaison de proportions ou de distributions.
2. tests portant sur la comparaison de moyennes ou de variances d'un ou de deux échantillons indépendants ou appariés.
3. test portant sur la comparaison de plusieurs moyennes sur des échantillons indépendants.
4. test des signes, test de Wilcoxon, test de Mann-Witney, test de Spearman, test de Kruskal et Wallis.
5. détermination du nombre d'observations (ou de sujets) nécessaires.
- Modèle linéaire : régression simple, test d'indépendance.

Les exercices dirigés seront illustrés par des exemples à l'aide du logiciel R

Bibliographie

  • St@tNet : http://www.agro-montpellier.fr/cnam-lr/statnet/
  • BOUYER J. : Méthodes statistiques -Médecine - Biologie (Estem 2000)
  • BOUYER J. : Méthodes statistiques – Exercices corrigés (Estem 2001)
  • VALLERON, A.J. : Biostatistique, Flammarion, 2007
  • FALISSARD, B : Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie (Masson, 2005)

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

Contact

EPN06 Mathématiques et statistiques
2 rue conté Accès 35 3 ème étage porte 19
75003 Paris
Sabine Glodkowski
Voir le site

Voir le calendrier, le tarif, les conditions d'accessibilité et les modalités d'inscription dans le(s) centre(s) d'enseignement qui propose(nt) cette formation.

UE

    • Paris
      • Paris
        • 2024-2025 1er semestre : Formation ouverte et à distance (FOAD)
        • 2025-2026 1er semestre : Formation ouverte et à distance (FOAD)
        • 2026-2027 1er semestre : Formation ouverte et à distance (FOAD)
        Comment est organisée cette formation ?
        2024-2025 1er semestre : Formation ouverte et à distance

        Dates importantes

        • Période des séances du 16/09/2024 au 18/01/2025
        • Période d'inscription : du 10/06/2024 à 10:00 au 18/10/2024 à 23:59
        • Date de 1ère session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF
        • Date de 2ème session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF

        Précision sur la modalité pédagogique

        • Une formation ouverte et à distance (FOAD) est une formation dispensée 100% à distance, qui peut être suivie librement, à son rythme.
        • Regroupements physiques facultatifs : Aucun

        Organisation du déploiement de l'unité

        • Délai maximum de réponse à une solicitation : sous 96 heures (Jours ouvrés)

        Modes d'animation de la formation

        • Forum
        • Messagerie intégrée à la plateforme
        • Visioconférence
        • Organisation d'une séance de démarrage
        • Evaluation de la satisfaction
        • Hot line technique

        Ressources mises à disposition sur l'Espace Numérique de Formation

        • Documents de cours
        • Enregistrement de cours
        • Documents d'exercices, études de cas ou autres activités pédagogiques

        Activités "jalons" de progression pédagogique prévues sans notation obligatoire à rendre ou en auto-évaluation

        • Examen Blanc

        Modalité de contrôle de l'acquisition des compétences et des connaissances (validation de l'UE)

        • Examens présentiels dans un centre habilité
        2024-2025 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi

        Dates importantes

        • Période des séances du 03/02/2025 au 07/06/2025
        • Période d'inscription : du 10/06/2024 à 10:00 au 14/03/2025 à 23:59
        • Date de 1ère session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF
        • Date de 2ème session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF

        Précision sur la modalité pédagogique

        • Une formation en présentiel est dispensée dans un lieu identifié (salle, amphi ...) selon un planning défini (date et horaire).
      • Centre Cnam Paris
        • 2024-2025 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
        • 2025-2026 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
        • 2026-2027 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
        Comment est organisée cette formation ?
        2024-2025 1er semestre : Formation ouverte et à distance

        Dates importantes

        • Période des séances du 16/09/2024 au 18/01/2025
        • Période d'inscription : du 10/06/2024 à 10:00 au 18/10/2024 à 23:59
        • Date de 1ère session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF
        • Date de 2ème session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF

        Précision sur la modalité pédagogique

        • Une formation ouverte et à distance (FOAD) est une formation dispensée 100% à distance, qui peut être suivie librement, à son rythme.
        • Regroupements physiques facultatifs : Aucun

        Organisation du déploiement de l'unité

        • Délai maximum de réponse à une solicitation : sous 96 heures (Jours ouvrés)

        Modes d'animation de la formation

        • Forum
        • Messagerie intégrée à la plateforme
        • Visioconférence
        • Organisation d'une séance de démarrage
        • Evaluation de la satisfaction
        • Hot line technique

        Ressources mises à disposition sur l'Espace Numérique de Formation

        • Documents de cours
        • Enregistrement de cours
        • Documents d'exercices, études de cas ou autres activités pédagogiques

        Activités "jalons" de progression pédagogique prévues sans notation obligatoire à rendre ou en auto-évaluation

        • Examen Blanc

        Modalité de contrôle de l'acquisition des compétences et des connaissances (validation de l'UE)

        • Examens présentiels dans un centre habilité
        2024-2025 2nd semestre : Formation en présentiel soir ou samedi

        Dates importantes

        • Période des séances du 03/02/2025 au 07/06/2025
        • Période d'inscription : du 10/06/2024 à 10:00 au 14/03/2025 à 23:59
        • Date de 1ère session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF
        • Date de 2ème session d'examen : la date sera publiée sur le site du centre ou l'ENF

        Précision sur la modalité pédagogique

        • Une formation en présentiel est dispensée dans un lieu identifié (salle, amphi ...) selon un planning défini (date et horaire).