Algorithmique de la bio-informatique

Code UE : BNF103

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Jean-Louis SPADONI

Public et conditions d'accès

Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.

Objectifs pédagogiques

Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.

Compétences visées

Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.

Contenu

1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) : Bioinformatics
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la programmation avec Scheme

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau

Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

UE

    • Paris
      • Centre Cnam Paris
        • 2019-2020 2nd semestre : Présentiel soir ou samedi
        • 2020-2021 2nd semestre : Présentiel soir ou samedi
        • 2021-2022 2nd semestre : Présentiel soir ou samedi