Génomique : fondements et applications
Code UE : US410S
- Cours
- 6 crédits
Responsable(s)
Antonia SUAU PERNET
Public et conditions d'accès
UE accessible seulement aux élèves de la licence professionnelle de génomique
Objectifs pédagogiques
Connaissance approfondie des concepts et des outils de génomique
Compétences visées
compréhension et applications de la génomique
Contenu
Génomique, structures des génomes, des gènes, bases d'épigénétique, enzymes de chirurgie des génomes, oncologie, thérapie génique, qPCR, animaux transgéniques (knock-in, knock-out), ChIP, ChIP-Seq
Génomique structurale
L'ADN médicament
Thérapie génique - Vaccins à ADN
Focus technologique
Virologie : Notions de base
Oncologie :Notions de base
Une partie de l'enseignement se fait en anglais.
Génomique structurale
- Structure des gènes procaryotes et eucaryotes, Familles de gènes, Pseudogènes
- Organisation des génomes procaryotes et eucaryotes
- Marqueurs géniques : STS, microsatellites, SNPs, ...Cartographie génétique et physique
- Séquençage à haut débit : pyroséquençage, Roche 454, Illumina, ion Torrent, Nanopore ...
- Localisation de gènes et de séquences régulatrices
- DNase HS (Hypersensibilité à la DNase) ...
- ChIP (Chromatin Immuno Precipitation), ChIP on chip, ChIP-Seq
- Génotypage de SNPs, détection de mutations, analyse des méthylations de l'ADN
criblage par dHPLC, HRM, SNP arrays, etc ...
- Cytogénétique moléculaire Fish, Prins, CGH array
- Expression transcriptionnelle / Analyse individuelle
Dot blot, Northern blot, RPA = RNase Protection Assay, RT-PCR, q-RT-PCR - Expression transcriptionnelle / Analyse globale
Microarrays, SAGE, Digital Gene Expression, RNA-Seq - Expression traductionnelle / Analyse individuelle Western blot, Immunoprécipitation
- Expression traductionnelle / Analyse globale (analyse du protéome)
Electrophorèse bidimensionnelle, Spectrométrie de masse, Puces à protéines - Inactivation ciblée d'un gène
Recombinaison homologue, Knock out, Knock in, RNA interference par siRNA et shRNA
Élimination conditionnelle de gènes et remplacement de gènes : Cre/loxP ...
Promoteurs inductibles artificiels : Tet On, Tet Off - Modification ciblées du génome
méganucléases, zinc finger nucleases, Cre Lox modifié, TALENs nucléases, CRISPR-Cas9 - Études d'interactions : Criblage par Double hybride, Simple hybride, Analyse par Affinity pull down, Biacore ...
L'ADN médicament
Thérapie génique - Vaccins à ADN
Focus technologique
- Puces à ADN : principes, méthodologies, technologies, applications
- Séquençages NGS
- Aptamères, synthèse par méthode Selex
- Diffusion des technologies de la génomique en diagnostic
- Assemblages de " biobriques ", biologie synthétique.
- PCR microfluidique à haut débit haut débit, PCR sur cellule unique
- Nanostring, Western Blot microfluidique
- RNomique,
- Métagénomique
Virologie : Notions de base
Oncologie :Notions de base
Une partie de l'enseignement se fait en anglais.
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Contact
EPN07 - Industries chimiques, pharma et agro alimentaires
2 rue Conté Accès 33-4 (Biologie) et 31-4 (Transformations chimiques et pharmaceutiques)
75003 Paris
Tel :01 40 27 23 81
Myriam Pillier
2 rue Conté Accès 33-4 (Biologie) et 31-4 (Transformations chimiques et pharmaceutiques)
75003 Paris
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Myriam Pillier
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Antonia SUAU PERNET