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Algorithmique de la bio-informatique

Code UE : BNF103

  • Cours
  • 6 crédits
  • Volume horaire de référence
    (+ ou - 10%) : 50 heures

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Jean-Louis SPADONI

Public, conditions d’accès et prérequis

Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.

L'avis des auditeurs

Les dernières réponses à l'enquête d'appréciation pour cet enseignement :

Présence et réussite aux examens

Pour l'année universitaire 2020-2021 :

  • Nombre d'inscrits : 31
  • Taux de présence à l'évaluation : 65%
  • Taux de réussite à l'évaluation : 70%

Objectifs pédagogiques

Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.

Compétences visées

Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.

Mots-clés

Contenu

1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) : Bioinformatics
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la programmation et aux algorithmes (Scheme)
  • T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest et T. Stein Ed Dunod : Introduction à l'algorithmique

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Intitulé de la formation
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Lieu(x)
Intitulé de la formation Certificat de compétence Bio-informatique
Type Certificat d'établissement
Lieu(x) À la carte
Lieu(x) Paris
Entrée Sans niveau spécifique
Intitulé de la formation Licence professionnelle de bio-informatique
Type Diplôme national (DEUST, licence, master, doctorat, diplôme d'Etat)
Lieu(x) À la carte
Lieu(x) Paris
Entrée Niveau 5 (Bac+2)
Intitulé de la formation Type Modalité(s) Lieu(x)

Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau
Voir le site

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UE

    • Paris
      • Centre Cnam Paris
        • 2023-2024 2nd semestre : Présentiel soir ou samedi