Outils mathématiques et informatiques pour la génomique

Code UE : BNF203

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable national

Jean-Francois ZAGURY

Responsable opérationnel

Public et conditions d'accès

UEs d'informatique, de statistiques, et BNF104 du diplôme d'ingénieur de bio-informatique
Public de niveau Master

Objectifs pédagogiques

Connaitre les données, les outils algorithmiques et statistiques pour le développement des logiciels de traitements des données génomiques et post-génomiques

Compétences visées

Utilisation des outils mathématiques et informatiques pour le traitement des données génomiques et post-génomiques : nettoyage des données (package dplyr), programmation dynamique, automates, modèles bayésiens, modèles de Markov, utilisation de R.

Contenu

Présentation des approches pour l'alignement des séquences biologiques et de leurs applications
Présentation des bases de données génomiques
Présentation des méthodes de traitement des données génotypiques (SNP, CNV, indel,haplotypes, imputation,génotype, séquençage) et de leurs applications
Applications réalisées en TP de bioinfo avec notamment R et Bioconductor.
 

Modalité d'évaluation

Examen final

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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  • Enseignée en formation présentielle et/ou partiellement à distance : Paris
  • Type Intitulé Equipe pédagogique Modalité(s) / Lieu(x) Code

    Contact

    Bioinformatique
    17.0.16, 292 rue St Martin
    75003 Paris
    Isabelle Corbeau

    Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

    UE

      • Paris
        • Paris
          • 2018-2019 1er semestre : Présentiel
          • 2019-2020 1er semestre : Présentiel
          • 2020-2021 1er semestre : Présentiel