Outils mathématiques et informatiques pour la génomique

Code UE : BNF203

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Public et conditions d'accès

UEs d'informatique, de statistiques, et BNF104 du diplôme d'ingénieur de bio-informatique
Public de niveau Master

Objectifs pédagogiques

Connaitre les données, les outils algorithmiques et statistiques pour le développement des logiciels de traitements des données génomiques et post-génomiques

Compétences visées

Utilisation des outils mathématiques et informatiques pour le traitement des données génomiques et post-génomiques : nettoyage des données (package dplyr), programmation dynamique, automates, modèles bayésiens, modèles de Markov, utilisation de R.

Contenu

Présentation des approches pour l'alignement des séquences biologiques et de leurs applications
Présentation des bases de données génomiques
Présentation des méthodes de traitement des données génotypiques (SNP, CNV, indel,haplotypes, imputation,génotype, séquençage) et de leurs applications
Applications réalisées en TP de bioinfo avec notamment R et Bioconductor.
 

Modalité d'évaluation

Examen final

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau

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Enseignement non programmé s'il s'agit d'un diplôme, d'un certificat ou d'une UE ou enseignement qui ne fait jamais l'objet d'une programmation s'il s'agit d'une UA ou d'une US (le code formation commence alors par UA ou US).