Microbiologie - Biologie moléculaire

Code UE : STM014

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Marie-Laure MAHAUT

Public et conditions d'accès

Biologie cellulaire, biochimie

Objectifs pédagogiques

Microbiologie
Connaitre les caractéristiques morpho-anatomiques des bactéries
Comprendre le fonctionnement des agents antimicrobiens
Connaitre le processus des analyses microbiologiques (prélèvement, transport et analyse)
Savoir identifier et dénombrer rapidement des microorganismes
 
Outils moléculaires
Connaitre le principe des différents outils moléculaires (PCR, qPCR, PCR-RLFP,…)
 
Bases de génétiques
Connaitre la structuration de l’information génétique
Comprendre les mécanismes de réplication et réparation de l’ADN et de l’ARN
Comprendre les mécanismes de synthèses de protéines

Compétences visées

Notions sur l’utilisation de qPCR
Manipulations en microbiologie (identification, préparation de milieu de cultures, dénombrement,)
Notions sur l’utilisation de qPCR (extraction, amplification, quantification)
Lecture de séquences d’ADN et d’ARN
Convertir les séquences d’ADN en ARN puis en acides aminés
Illustrer les mécanismes de conversion de l’information génétique en protéines

Contenu

Microbiologie
Cours :
Présentation de la microbiologie
Morphologie et structure des bactéries
Nutrition et croissance bactérienne
Les agents antimicrobiens
Prélèvement, transport et préparation des échantillons en vue d’analyses microbiologiques
Les méthodes rapides de dénombrement des microorganismes
Les méthodes d’identification des microorganismes
TP :
Présentation du poste de travail en microbiologie et des consignes de sécurité – Préparation de milieux de culture – Observation et description de cultures bactériennes en milieu liquide - Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement.
Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement – Tests d’ambiance – Test de sporulation – Analyses microbiologiques sur l’eau de mer
Identification d’une souche bactérienne par tests biochimiques (test O/F ; recherche de la catalase ; recherche de la cytochrome oxydase ; galerie API 20 E) – Antibiogramme - Analyses microbiologiques sur des algues prélevées sur l’estran.
 
Outils moléculaires
Cours
Introduction et présentation des outils moléculaires
Extraction des ADN et ARN
Etude du GC%
Principe de la PCR
La PCR point final
La qPCR ou PCR temps réel
La PCR-RFLP : Etude du profil de restriction
Le séquençage
Le metabarcoding
Les sondes nucléotidiques ou sondes nucléiques
L’hybridation
La transcriptomique
 
TP :
Extraction d’ADN génomique à partir d’une culture bactérienne pure.
Amplification de la région V1-V3 de l’ADNr 16S par PCR point final.
Migration d’amplicons sur gel d’agarose et détermination de la taille des amplicons.
Utilisation de la qPCR pour quantifier l’ADN bactérien dans un extrait d’ADN issu d’un échantillon environnemental.
 
Bases de génétiques
Structure de l’ADN
La réplication de l’ADN
Information génique et non génique
Vers la synthèse des protéines
Les mutations

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